กองคลัง แบ่งโครงสร้างการบริหารงานเป็น 4 งาน ซึ่งในแต่ละงานมีหน้าที่ ดังนี้

1. งานการเงิน
   1. รับเงินรายได้ค่าธรรมเนียมจากการจัดการศึกษา เงินทุนการศึกษาและอื่น ๆ
   2. จ่ายเงินทุกประเภทให้กับเจ้าหนี้บุคคลภายนอกและบุคลากรภายใน
   3. เบิกเงินงบประมาณแผ่นดินจากกรมบัญชีกลาง
   4. เบิกเงินงบประมาณรายจ่ายจากรายได้ มธ.
   5. ควบคุมดูแลหลักทรัพย์ของมหาวิทยาลัย ตลอดจนดำเนินการลงทุนหาผลประโยชน์ตามมติคณะกรรมการพิจารณารายได้จากเงินลงทุนของมหาวิทยาลัย
   6. เบิกจ่ายเงินเดือน ค่าจ้าง เงินประจำตำแหน่ง ให้กับข้าราชการ พนักงานมธ. (เปลี่ยนสถานภาพ) พนักงานมธ. ลูกจ้างประจำ ลูกจ้างเงินรายได้ ลูกจ้างชาวต่างประเทศ และพนักงาน มธ. ตามภารกิจ
   7. ออกใบรับรองการหักภาษี ณ ที่จ่ายประจำปี (50 ทวิ) ให้กับบุคลากรภายใน
   8. กำกับดูแลหน่วยงานต่าง ๆ เกี่ยวกับการลงทุน การซื้อพันธบัตรหุ้นกู้ต่าง ๆ ให้เป็นไปตามเกณฑ์เงินลงทุนตามมติสภามหาวิทยาลัย
   9. เบิกจ่ายเงินในระบบ GFMIS ภายในระยะเวลาที่กำหนด
2. งานบัญชี
   1. ตรวจสอบหลักฐานการจ่ายเงิน วิเคราะห์รายการบัญชี พร้อมทั้งบันทึกบัญชี
   2. จัดทำใบสำคัญตั้งหนี้การเบิกจ่ายเงินจากเงินงบประมาณแผ่นดิน และเงินงบประมาณรายจ่ายจากรายได้พิเศษของมหาวิทยาลัย เงินรับฝากผ่านบัญชีและเงินกองทุน
   3. ตรวจสอบงบประมาณแผ่นดิน งบเงินรายได้ เงินกองทุน การยืมเงินทดรองจ่ายมหาวิทยาลัย
   4. ปิดบัญชีและจัดทำรายงานการเงินประจำเดือน ส่งให้กับกองบริหารการคลังกลุ่มภารกิจและสำนักงานตรวจสอบภายใน ปิดบัญชี เพื่อจัดทำรายงานการเงินประจำปี ทุกสิ้น              ปีงบประมาณ พร้อมทั้งวิเคราะห์สถานะการเงินของมหาวิทยาลัยเสนอต่อสภามหาวิทยาลัย                      
   5. การฝึกอบรมการใช้ระบบ ERP ให้กับหน่วยงานต่าง ๆ สำหรับการจัดทำบัญชีและรายงานการเงิน ประจำเดือนจากเงินงบประมาณแผ่นดิน และงบประมาณรายได้หน่วยงาน
   6. พิจารณาและตรวจสอบใบสำคัญการขอเบิกจ่ายเงินให้ถูกต้องตามระเบียบ ทั้งกรณีที่เบิกจ่ายจากเงินงบประมาณแผ่นดิน เงินงบประมาณรายจ่ายจากรายได้ มธ. และเงินกองทุนต่าง ๆ ภายในระยะเวลาที่กำหนด
   7. การปรับปรุงและให้ข้อมูลแก่หน่วยงานต่าง ๆ เกี่ยวกับการบริการต่าง ๆ ผ่านทางเว็บไซต์
   8. ตรวจสอบเอกสารการเบิกเงินสวัสดิการ ค่ารักษาพยาบาล สำหรับข้าราชการบำนาญ ข้าราชการพนักงานมธ. (เปลี่ยนสถานภาพ) ลูกจ้างประจำ
3. งานรายได้
   1. วิเคราะห์และจัดหาเงินงบประมาณแผ่นดิน และเงินงบประมาณรายจ่ายจากรายได้มธ.
   2. บริหารจัดการเงินงบประมาณแผ่นดินและเงินงบประมาณรายจ่ายจากรายได้มธ. ให้เป็นไปตามแผนงานโครงการที่ได้รับอนุมัติจากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และอยู่ภายในวงเงินงบประมาณที่ได้รับจัดสรรแต่ละปี
   3. จัดทำรายงานสรุปการใช้จ่ายเงินงบประมาณเพื่อเสนอผู้บริหารทราบเป็นประจำทุกเดือน
   4. การติดตามการใช้จ่ายเงินงบประมาณแผ่นดินและเงินงบประมาณรายจ่ายจากรายได้มธ.
   5. ศึกษาวิเคราะห์ดำเนินการเรื่องการจัดหารายได้ ตามระเบียบ มธ. ว่าด้วยการจัดหาเงินรายได้หรือผลประโยชน์จากที่ราชพัสดุ
   6. ตรวจสอบการขออนุมัติจัดโครงการบริการสังคม (โครงการเลี้ยงตัวเอง) ของหน่วยงานต่าง ๆ และติดตามการดำเนินโครงการ
   7. ตรวจสอบการขออนุมัติเบิกจ่ายเงินกองทุนบริจาค บันทึกบัญชี รับ-จ่าย และจัดทำรายงานการเงินกองทุน
   8. ตรวจสอบขออนุมัติงบประมาณโครงการจัดหา หรือเร่งระดมทุนตามกิจกรรมพิเศษหรือตามวาระสำคัญ
   9. ตรวจสอบและติดตามลูกหนี้ที่ราชพัสดุ ลูกหนี้โครงการบริการสังคม/ลูกหนี้ร้านค้า
   10.  การรวบรวมและจัดทำระเบียบการจัดหารายได้ หรือผลประโยชน์ของมหาวิทยาลัย
4. งานพัสดุ
   1. จัดหาวัสดุครุภัณฑ์ การซ่อมแซม การจ้างเหมาบริการต่าง ๆ จากเอกชน จากเงินงบประมาณแผ่นดิน และเงินงบประมาณรายจ่ายจากรายได้ มธ. ให้เป็นไปตาม พรบ.จัดซื้อจัดจ้าง
   2. จัดทำข้อตกลงการซื้อ การจ้าง การควบคุมสัญญาและประสานงานกับคณะกรรมการตรวจรับ/ตรวจการจ้าง เพื่อรวบรวมส่งเบิกจ่ายเงิน
   3. จัดทำทะเบียนคุมสินทรัพย์ของมธ. ทั้งการบันทึกและจำหน่ายของครุภัณฑ์ทั้งมหาวิทยาลัย
   4. จัดระบบการจัดซื้อวัสดุเพื่อให้ได้วัสดุที่มีคุณภาพและคุ้มค่าจากเงินงบประมาณแผ่นดิน และเงินงบประมาณรายจ่ายจากรายได้ มธ. ให้กับทุกหน่วยงานในสำนักงานอธิการบดี