กองคลัง เป็นหน่วยงานในกำกับดูแลของรองอธิการบดีฝ่ายการคลัง มีภารกิจหลักในการบริหารงบประมาณของมหาวิทยาลัย ทั้งงบประมาณแผ่นดิน งบประมาณรายจ่ายจากรายได้ของมหาวิทยาลัย และจากกองทุนประเภทต่าง ๆ การจัดซื้อ/จัดจ้างพัสดุตามวงเงินงบประมาณ การรับและจ่ายเงิน รวมถึงการบันทึกบัญชีจัดทำรายงานการเงิน เสนอต่อผู้บริหารและสภามหาวิทยาลัย การบริหารการลงทุน หาผลประโยชน์จากทรัพย์สินของมหาวิทยาลัย การพิจารณาการขออนุมัติโครงการบริการสังคมของหน่วยงานต่าง ๆ การพิจารณาร่างระเบียบทางการเงินของหน่วยงานต่าง ๆ และประสานงานให้หน่วยงานดำเนินการเบิกจ่ายเงินงบประมาณ ให้เป็นไปตามระเบียบข้อบังคับของมหาวิทยาลัย